Maahad Tahfiz Al-Quran telah ditubuhkan pada tahun 1992. Ia wujud hasil daripada cadangan yang telah dibuat oleh Y.A.B. Tuan Guru Dato Nik Abdul Aziz bin Nik Mat setelah menerajui Kelantan sebagai Menteri Besar pada tahun 1990. Yayasan Islam Kelantan YIK pada ketika itu di bawah Haji Abdul Samad Mahmood telah menjunjung tinggi cadangan ini dan mengambil inisiatif untuk mengendalikan pengurusan MTAQ.

Seramai 30 orang pelajar dipilih untuk menjadi generasi sulung pelajar MTAQ. Pada ketika itu mereka ditempatkan di bangunan Lembaga Peperiksaan YIK Nilam Puri kerana Kompleks MTAQ masih lagi dalam pembinaan. Dua orang guru telah dilantik iaitu Ustaz Mohd Mansor bin Hj Mohd Daud dan Ustaz Nazaruddin bin Jalaluddin sebagai tenaga pengajar dengan dibantu oleh beberapa orang pegawai YIK.

Mereka kemudiannya beralih ke tempat baru iaitu Kompleks MTAQ di Pulai Chondong pada 16 Mei 1993. Kompleks MTAQ ketika itu sudah siap binaan asasnya dengan sebuah bangunan di atas tanah seluas empat ekar. Walaupun para pelajar terpaksa menghadapi segala kekurangan dari segi prasarana dan kemudahan namun mereka berjaya mengikuti segala proses pembelajaran seperti mana yang diharapkan oleh kerajaan.

MTAQ menjalankan program imam tarawih buat kali pertama pada bulan Ramadan tahun 1413 Hijrah. Sebilangan pelajar dipilih untuk bertugas sebagai imam tarawih di beberapa jajahan sekitar negeri Kelantan sebagai latihan untuk menghadapi masyarakat setempat. Program yang dijalankan ini mendapat sambutan hangat dari semua penduduk negeri Kelantan dan secara tidak langsung memperkenalkan MTAQ di kalangan masyarakat luar Kelantan.

Antara kejayaan yang mula-mula dicapai oleh MTAQ ialah Anugerah Sekolah YIK Terbaik SPM 1997 dan Anugerah Sekolah Terbaik YIK STU 1997. Kejayaan yang diraih ini sekaligus menjawab persoalan di kalangan masyarakat bahawa menghafaz al-Quran tidak menghalang kecemerlangan di dunia.

Kemudahan dan prasarana MTAQ juga ditingkatkan dari semasa ke semasa. Pada tahun 1998 sudah beberapa binaan ditambahkan. Antaranya ialah bangunan pentadbiran perpustakaan masjid dewan makan dan dua unit rumah guru. Kakitangan pengurusan MTAQ juga bertambah menjadi seramai 21 orang termasuk empat orang kakitangan sokongan.

Majlis Pelajar MP ditubuhkan secara rasminya pada tahun 2000. MP merupakan sebuah pertubuhan pelajar yang menjadi penaung kepada beberapa buah badan di MTAQ seperti Badan Dakwah & Kepimpinan Badan Disiplin dan Badan Asrama. Penubuhan MP telah memantapkan lagi proses pelaksanaan aktiviti kokurikulum dalam kalangan pelajar.

http://mtaq.edu.my/