Pondok al-Khairiah Banggol Stol mula dibuka oleh TuanGuru Haji Zakaria pada tahun 1953 sekembalinya beliau dari Mekkah al-Mukarramah. Tiupan semangat perjuangan Tajdid wa al-Islah yang dipelopori oleh Muhammad Abduh dan gurunya Jamaluddin al-Afghani mempengaruhi segenap sanubari dan jiwanya untuk meninggikan kalimah Allah di mukabumi ini. Sebagaimana dimaklumi bahawa pengaruh Muhammad Abduh ini disebarkan oleh ulamak-ulamak yang belajar di Mekah dan Mesir. Kekaguman beliau kepada perjuangan Muhammad Abduh ini mempengaruhi beliau untuk menamakan seorang anaknya dengan nama tokoh tersebut.
Pada peringkat awal pembukaanya, pusat pengajaran dan pembelajaranpondok ini bertempat di balaisah. Tapak rumah dan balaisah ini telah diwakaf khusus kepada tuan guru Hj Zakaria oleh datuk saudaranya yang bernama Yaakob adik kepada neneknya yang bernama Tok Mekbar. Balaisah tersebut telah dibangunkan secara gotong royong oleh generasi awal penempatan pondok ini. Untuk menampung pelajar dan jemaah yang semakin ramai akhirnya sebuah masjid yang lebih besar didirikan di tapak tanah yang diwakafkan oleh isteri beliau Hajjah Saudah. Tapak masjid sebagai Halaqah ilmu ini masih kekal hingga kini. Kawasan di sekitar balaisah dikhususkan untuk mendirikan pondok-pondok bagipelajar perempuan manakala kawasan di sekitar masjid didirikan pula pondok-pondok untuk pelajar lelaki. Dengan terbukanya pondok ini semakin banyak rumah-rumah dibina untuk penempatan . Akhirnya Banggol Stol menjadi tumpuan untuk dijadikan tempat tinggal.
Menurut AllahYarham Tuan Guru Hj Muhammad Ismail ( M 2004), sebelum pembukaan pondok ,Banggol Stol di penuhi dengan berbagai-bagai amalan Khurafat karut marut seperti pemujaan hantu dan sebagainya, termasuk juga kegiatan jenayah curi lembu yang berleluasa. Namun al-Hamdulillah berkat berdirinya pondok sebagai pusat ilmu, amalan-amalan khurafat dan jenayah-jenayah tersebut sedikit demi sedikit telah dapat dihapuskan. Pondok ini telah menjadi pemangkin kepada perkembangan pendidikan Ummah yang cahayanya disebarkan keseluruh kelantan khususnya dan Malaysia amnya.
Benarlah kata pepatah Arab:
Persekitaran ilmu yang wujud di Kampung Banggol Stol ini berjaya meniupkan semangat ilmu dan kesungguhan kepada generasi penerus Kampung Banggol Stol dimana hampir setiap rumah dipersekitaran masjid ini mempunyai anak-anak yang menuntut ilmu agama di Mekah Madinah, Mesir dan universiti-universiti tempatan. Mereka ini memberi khidmat dan sumbangan kepada agama bangsa dan Negara di seluruh pelusuk tanah Air.
Pada peringkat awal penubuhan pondok ini , corak pengajian adalah dalam bentuk halaqat ( Menadah Kitab). Antara kitab-kitab yang diajar antaranya ialah:
Antara murid beliau yang terawal ialah adik beliau sendiri iaitu Allah YarhamTuan Guru Haji Muhammad Ismail bekas pensyarah UKM dan Kias, juga bekas ketua dewan ulamak PAS Wilayah Persekutuan, AllahYarham Haji Seman bekas Pensyarah UITM,AllahYarham Hj Mohamad Awang Kechik,Ustaz Hj Abdul Rashid Muda,Iman Muda Masjid Paya Bemban,Ustaz Hj Muhammad Awang, Ustaz Abdul Latif Ahmad, Ustaz Ramli Ibrahim dan lain-lain. Manakala yang terkemudian antaranya ialah Ustaz Abdullah Yaacob bekas EXCO Kerajaan Negeri Kelantan, Dr Muhammad Fauzi b. Hj Hamat Pensyarah di Akademi Pengajian Islam Universiti Malaya, Ustaz Asri Omar, Ustaz Azmi Musa,Ustaz Abdul Rahim,Ustaz Yusuff dan lain-lain.
Selepas penubuhan MAIK ( Majlis agama Islam Kelantan) pada tahun 1915, beberapa langkah telah diambil bagi memajukan sistem pendidikan Islam di Kelantan. Antaranya ialah dengan membuka sekolah. Dalam tempoh dua dekad iaitu dari tahun 1940– 1960, persekolahan Majlis berada di peringkat kemuncak, makmur dan gemilang. Sebagai menyahut perkembangan semasa yang berlaku, pondok Banggol Stol telah melangkah seiring dengan perkembangan zaman. Dari asas pondok dengan sistem menadah kitab di Masjid, sebuah sekolah didirikan dan diasaskan oleh TuanGuru Haji Zakaria sendiri pada tahun 1963. Sekolah tersebut diberi nama Sekolah Agama Arab Khairiyyah Banggol Stol.
Sekolah ini seterusnya mengembangkan lagi kampung Banggol Stol sebagai “ Kampung Ilmu”. Ramai pelajar dari daerah-daerah berhampiran seperti Tanah Merah, Rantau Panjang , Pasir Mas dan pelajar-pelajar dari Selatan Thailand datang ke kampung ini untuk menimba ilmu. Sistem pengajian pondok masih lagi dikekalkan tetapi setelah berakhir sessi persekolahan. Gabungan sistem pondok dan persekolahan telah membentuk keperibadian sukakan ilmu dikalangan pelajar dan masyarakat setempat. Boleh dikatakan masyarakat pondok ini dibesarkan di atas Masjid. Persekitaran yang kondusif ini menjadi pemangkin yang kuat kepada kepada lahirnya tokoh-tokoh dalam bidang pendidikan khususnya dalam bidang agama.
